Muzium ini adalah gabungan pameran spesimen-spesimen daripada disiplin Anatomi, koleksi haiwan beracun bagi disiplin Parasitologi, Patologi, Perubatan Forensik dan koleksi replika inovasi FPSK. Muzium Perubatan ini terletak di Aras 5, Fakulti Perubatan dan Sains Kesihatan. Muzium ini diwujudkan untuk menjadi ekosistem sokongan pengajaran, pembelajaran kendiri, praktikal pelajar perubatan, pensyarah dan penyelidikan pelajar pascasiswazah. Pelbagai koleksi dan bahan pameran dalam bentuk asal seperti organ-organ dalaman pesakit yang diawet, tulang-tulang lengkap dan tengkorak, model plastinasi bahagian-bahagian badan, model organ plastik dan silikon, spesimen patologi pesakit di dalam balang arkilik atau kaca, haiwan-haiwan berbisa, ilustrasi, gambar dan artifak. Muzium ini diwujudkan pada tahun 2007 di bangunan Fakulti Perubatan dan Sains Kesihatan, Kampus Pandan, Kuala Lumpur. Ruang di sana telah diinspirasikan oleh mantan dekan, Profesor Emeritus Dato’ Dr Nik Nasri Nik Ismail dan dibangunkan oleh teknologis Haji Yusuf Mohamed. Ia dirasmikan oleh Naib Canselor USIM ke-2, Profesor Dr Dato’ Muhammad Muda pada tahun 2011.